本府於103年7月7日依《野生動物保育法》公告劃定為「桃園觀新藻礁生態系野生動物保護區」，保護對象為河口藻礁海岸生態系及棲息鳥類、野生動植物，保護區範圍以觀音區保生里大潭電廠進水口南堤以南至新屋區永興里、永安里藻礁海岸，含小飯壢溪河口、新屋溪河口；保護區範圍界線係緊連各堤岸構造物，各堤岸構造物不納入保護區範圍，面積達315公頃，分為核心區(47公頃)、緩衝區(81公頃)、永續利用區(187公頃)，經本府調查報告指出觀新藻礁具有高度物種生物多樣性，動物密度為高美濕地的5倍，香山濕地8倍。
保護區管制事項：
永續利用區：於漲潮前後2小時、每逢大潮前後2小時及每天下午5時至次日上午7時禁止進入，其餘時間開放供民眾進行體驗活動；本區無人數總量管制。 緩衝區：於漲潮前後2小時、每逢大潮前後2小時及每天下午5時至次日上午7時禁止進入；其餘時間請依申請須知規定向本局申請，經同意後始得進入該區從事淨灘、生態攝影、生態旅遊或體驗等活動；本區設有總量管制，遊客應團進團出，北區每日人數上限200人，南區每日人數上限500人。 核心區：非經主管機關許可，不得進入。
有關藻礁保護區參觀最佳月份與最多生物
Q：幾月最適合去藻礁生態？最多生物？
A： 一、最適合觀察藻礁生態的季節是春夏兩季，此時藻類茂盛，風平浪靜，貝類活動頻繁，秋冬季節因東北季風增強，常形成大浪較不利參觀，所以建議前往參觀之月份為每年4~9月。
二、前往觀察藻礁生態前，須先了解潮汐狀況，最好於每日退潮前後2個小時前往觀察，桃園海岸潮汐時間的口訣為：「初一、十五早晚乾，初八、二三早晚滿。」，意即初一、十五前後退潮時間約落在早晨及傍晚，而初八、二三前後退潮時間則落在中午，有關潮汐預報詳細資料請上中央氣象署網站查詢。
連結觀新藻礁保護區網站FAQ常見問答